GENEPOP, Arlequin, STRUCTURE, FSTAT, PCAGEN, Relatedness, GDA, Microsat...
遺伝解析のソフトはあまりにたくさんあって、必要な時にどれを使えばいいかがよくわかりません。
というわけで、ここでは超簡単に、「これを求めたいならこのソフトを使えばいい」ってのを紹介します。
※「基本はGENEPOPで」というスタンスです。
GENEPOPを使えばArlequinやFSTAT/PCAGENのinput fileを簡単に作成できる。
そのためにまずはGENEPOP用のinput fileを作ろう。
・個体群別、遺伝子座別のallele数： GENEPOPのOption-3.1
・個体群別、遺伝子座別のallele頻度： GENEPOPのOption-5.1
ArlequinやFSTATでもできるけど、GENEPOPが簡単だと思う。
・GENEPOPのOption-5.1でHeとHo、Option-1.3でHWEからのずれがわかる。
・Arlequinなら一気にこの二つが計算できる。
Weir & Cockerham 1984のFstはGENEPOPのOption6-2で求まる。
ArlequinやFSTATでもできるけど、GENEPOPが簡単。
Arlequinではmissing dataの扱いが異なるので多少、値は変わる。
Fst値の0からのずれはFSTATとかで出せるけど、これはFstが非常に小さい値でも有意さが出たりする。
ただ個体群間の遺伝的差異が大きいかどうかを見たいのならFisherのExact testとかがいい気がする（経験的に）。
GENEPOPでできる。
血縁度には様々な指標が提案されている。（Blouin 2003参照）
①Identify by descent(IBD)法→Queller & Goodnight (1989)
②最尤法を用いた方法→Milligan 2003
…など。
あとはWang (2002)とかLynch & Ritland (1999)などがあるようですが、詳しいことはわかりません。
これらの手法は、解析の目的によってどれを用いるべきなのかが変わると思うので、本格的に必要なら勉強したほうがいいでしょう。
ま、それは全ての解析に共通することですが…
①のQueller & Goodnight (1989)の血縁度は、おそらく最も多く使われているもので、実際の計算にもこれまた彼らが開発したソフト「RELATEDNESS」や「KINSHIP」が最もよく用いられている。
しかし困ったことに、これはMacintoshパソコン専用ソフトで、大多数のWindowsユーザーには使えない。
また、使い方もややこしく（マニュアルが解読できない…汗）、Macユーザーだとしても正直使いにくい。
そこで、同様のプログラムとしてたまに使われているのがKINGROUPというソフト。
これはWindows、Mac限らず使えるし、上記に挙げた多くの血縁度について計算できる。
マニュアルが不十分なので、ソフトの中身の詳しいとこはわからないけど、その分、使い方も簡単なので英語の苦手な読者にも使いやすいだろう。
…ただ、input fileが作りにくい。
missing dataのあらわし方がQueller & Goodnightのソフト「RELATEDNESS」と同じで、この文字「（半角の）・」がWindowsではうまく入力できない。
Macで作ったファイルをWindows上のKINGROUPで使うことはできたけど、
せっかくWindowsで使えるソフトを作っておいてそんなに不便なことはない。
てわけで、いちいちMacを使わなくても済む、何かしらの方法はあるんだろうけど、現時点で筆者はその方法を知らない。
読者の中で知っている方がいれば、是非とも教えていただきたい。
・Blouin,M.S.(2003). "DNA-based methods for pedigree reconstruction and kinship analysis in natural populations." Trends in Ecology & Evolution 18(10): 503-511.
・Milligan,B.G.(2003). "Maximum-likelihood estimation of relatedness." Genetics 163(3): 1153-1167.
・Queller,D.C. and K.F.Goodnight(1989). "Estimating Relatedness Using Genetic-Markers." Evolution 43(2): 258-275.
・Weir, B. S. and C. C. Cockerham 1984. "Estimating F-statistics for the analysis of population struct￢ure." Evolution 38: 1358-1370.