FSTAT & PCAGEN
ダウンロードはこちら→http://www2.unil.ch/popgen/softwares/
FSTATとPCAGENのinput fileはまったく同じ。GENEPOPのファイル変換（option7）を利用して作成できる。
sub-optionの1を選択してから、GENEPOPのinput fileを入力すると以下のようなResultsが出力される。
3 4 6 2 Loc1 Loc2 Loc3 Loc4 1 0202 0101 0305 0203 1 0104 0101 0205 0404 1 0202 0102 0103 0204 2 0204 0101 0405 0404 2 0102 0000 0103 0404 2 0202 0102 0102 0205 2 0205 0101 0305 0404 3 0204 0102 0103 0102 3 0206 0101 0303 0203 3 0203 0202 0203 0204 |
# 個体群の数 Locus数 最大Allele数 digit(1 or 2) # Locus名 # ここから個体データ 1列目の数字は個体群番号。 |
これをメモ帳などのテキストエディタに入力し、DATファイル形式[ .dat ]で保存する。(例：[test.dat])
現在作成中．．．
使い方は、[File]→[Open]から、DAT形式のinput fileを読み込んで、[Go]をクリックするだけ。
outputされるグラフを見やすくするために、[Go]の前に[Options]→[Label file for pops]から以下のようなファイルで個体群名を定義しておくといいかも。
個体群名は任意。このようなファイルをテキスト形式などで作成する。
PCAGENがやってること。
PCAGENのinput fileのままでは主成分分析はできない。
PCAGENではこのファイルを、主成分分析ができる形に変換してるわけだが、
その変換方法をここで説明する。
PCAGENを使わなくても主成分分析ができるように、また、発表でつっこまれたときのためにも、 何を説明変数として主成分分析を行っているのかは、ぜひとも知っておきたい。
方法は、全ての対立遺伝子の頻度を、各個体群ごとに求めてるだけ。
（そしてこれはGENEPOPなどで簡単に計算できる。）
PCAGENでは、これをデータファイルとして主成分分析を行っている。
つまり、（全遺伝子座トータルでの）全対立遺伝子が主成分分析での説明変数となる。
統計ソフトRでのデータテーブルの例：
L1.1 L1.2 L1.3 L2.1 L2.2 L3.1 L3.2 L3.3 pop1 0.2 0.4 0.4 0.35 0.65 0.2 0.65 0.15 pop2 0.1 0.5 0.4 1.0 0 0.25 0.4 0.35 pop3 0.25 0 0.75 0.55 0.45 0.2 0 0.8 pop4 0.1 0.45 0.45 0.3 0.7 0.7 0.15 0.15