Arlequin

ダウンロードはこちら→http://lgb.unige.ch/arlequin/

★ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ★
インストールの方法（結構ややこしい）は、こちらの方のホームページ（日記）が参考になる。
インストール方法以外にも、様々な解析の方法などが詳しく書かれてるので必見。

GENEPOPのファイル変換（option7）を利用して作成できる。

sub-optionの5を選択し、その下のDatatypeなどを選択してから、GENEPOPのinput fileを入力すると以下のようなResultsが出力される。

※マイクロサテライトの場合


[Profile]
	Title="test data"

	NbSamples=3
	DataType=MICROSAT
	GenotypicData=1
	LocusSeparator=WHITESPACE
	GameticPhase=0
	RecessiveData=0
	MissingData="?"

[Data]
	[[Samples]]
	  SampleName="A01"
	  SampleSize=3
	  SampleData= {
1     1   199  282  206  238 
          199  282  230  240 
2     1   195  282  200  242 
          205  282  230  242 
3     1   199  282  190  238 
          199  290  206  242 
	  }
	  SampleName="B01"
	  SampleSize=4
	  SampleData= {
1     1   199  282  210  242 
          205  282  230  242 
2     1   195    ?  190  242 
          199    ?  206  242 
3     1   199  282  190  238 
          199  290  200  246 
4     1   199  282  206  242 
          209  282  230  242 
	  }
	  SampleName="C01"
	  SampleSize=3
	  SampleData= {
1     1   199  282  190  234 
          205  290  206  238 
2     1   199  282  206  238 
          213  282  206  240 
3     1   199  290  200  238 
          203  290  206  242 
	  }

これをメモ帳などのテキストエディタに入力し、形式を[ .arp ]として保存する。(例：[test.arp])

AMOVA (Analysis of Molecular VAriance)

遺伝構造の階層分散分析。
解析集団が遺伝的にいくつかのグループ(subgroup)に分かれているかどうかの検定（？）
AMOVAを行うには、input fileの最後に、groupの定義を行う必要がある。
（※ここらへんはArlequinのバージョンによって多少異なる気がするので注意が必要。ここではver 3.1の場合を説明する。）

Arlequin ver 3.1では、input fileでgroupの定義をする必要はなく、ソフト上で定義できる。

その際に、解析には使わないpopulationを指定するなど、柔軟な設定が可能。
その他にも旧ver. に比べ、操作性・視認性など向上された点は多いので、バージョンアップしておくことを勧める。

旧ver. では、input fileの最後に、以下のようにgroupを定義する必要がある。

	:	:	:
3     1   199  290  200  238 
          203  290  206  242 
	  }

StructureName = "test group"
NbGroups = 2
Group =  {
"A01"
"B01"
}
Group =  {
"C01"
}

# ここまでがノーマルなinput file。

# 名前。自由に。
# 定義するグループ数
# 各グループに所属させる個体群の名前。
input fileで「SampleName="A01"」のように定義されたものを使う。

# 1個体群で1グループはアリなのか？