遺伝解析ソフト手引き（備忘録）

おもにinput fileのつくりかた。

《ご覧頂く前に》

ここに掲載している内容は私たちが使用している遺伝解析ソフトの一部の使い方について、研究室内部での使用を目的として、簡潔にまとめたものです。私たちが扱うタイプのサンプルデータに合わせた使用法となっておりますので、ソフトウェアの完全なマニュアルではありません。
本ページのマニュアルに従ってソフトを使用した結果生じたいかなる損害についても、当方は一切責任を負いませんのご了承ください。

-Tips-
「使える！？特製エクセルシート！」
alleleの並べ替えなど、input fileをつくるのに役に立つかもしれないテンプレート。
ダウンロード(106KB)
STRUCTUREでΔKとかを求める機能を追加しました！(2007.11.25)

[概説]
とりあえず初めての方や、何をすればいいかわからない方はここ。

1. GENEPOP

  • FST, Isolation by distance
  • 対立遺伝子頻度
  • Hardy-Weinberg検定
  • 各種データ変換

etc.

2. Arlequin new!

  • FST
  • AMOVA

etc.

3. FSTAT & PCAGEN new!

  • F統計量
  • 遺伝データの主成分分析

etc.

4. STRUCTURE

  • 集団のクラスター解析
  • F統計量？

etc.

5.KINGROUP

  • 個体間の血縁度
  • いろんな方法で計算できる

etc.

6.Relatedness

  • 個体間、個体群間の血縁度

etc.

ただ、これはMacintoshでしか使えない。
Windowsユーザーには、内容は若干異なるけど、
KINGROUPっていうソフトがオススメ。
使い方もRelatednessに比べ、断然わかりやすい。

私の理解不足もあって、おもにinput fileのつくり方程度しか載せてませんが、
時間があれば順次更新していくつもりですのでご了承を。